در حوزه پژوهش، مأموریت بخش ویروس‌شناسی، به‌کارگیری تحقیقات پایه، کاربردی و بالینی به‌منظور درک مکانیسم‌های بیماری‌زایی ویروس‌ها و دستیابی به مکانیسم‌های مؤثر جهت کنترل بیماری‌های ویروسی و نیز استفاده از ویروس‌ها جهت ژن‌درمانی سایر بیماری‌ها است.

در حوزه آموزش، فراهم آوردن اعضاء علمی متخصص و مجرب، امکانات آزمایشگاهی و فضای کاری مناسب جهت پرورش دانشجویان مقاطع تحصیلات تکمیلی از اهداف اصلی بخش ویروس‌شناسی است.

در حوزه خدمات تخصصی نیز علاوه بر فراهم نمودن سرویس‌های تخصصی جهت بهره‌مندی عمومی جامعه علوم زیستی بر اساس تخصص اعضاء علمی بخش، انجام برخی آزمایش‌های تشخیصی ویروس‌شناسی نیز از مأموریت‌های این بخش است.

رییس این بخش آقای دکتر کیهان آزادمنش می‌باشند.